Esta pedanía disfruta de parte del biotopo natural que se extiende a lo largo de la cuenca del Quipar y de la ladera de la Sierra de Cabras, ocupando practicamente el 60% del territorio de La Encarnación.
Existe un paraje de singular belleza, una garganta por la que discurre el río Quipar, se conoce como el Estrecho de las Cuevas y en él se encontraron vestigios de la cultura argárica. Hace más de cuatro mil años existieron aquí pequeños poblados que aprovecharon tanto el recurso hídrico de la zona como el carácter fortificado de sus cuevas y relieves escarpados.
Destaca el bosque de ribera cercano al Quipar, con álamos blancos y negros, así como olmos y sauces. Más cercanos al núcleo de población se pueden encontrar chopos, pinos negros y carrascos, además de un extenso monte bajo donde abundan las plantas aromáticas como el espliego, el romero y otras menos conocidas como la coscoja.
El romero, rosmarinus officinalis, era ya conocido por los antiguos romanos, su nombre deriva de las palabras griegas rhops y myrinos, arbusto aromático. De esta planta Linneo en el siglo XVIII escribió: "crece en España tan abundante, que los navegantes, antes de ver tierra, perciben su olor". Las propiedades del romero son innumerables, desde las terapéuticas en el tratamiento de lesiones articulares hasta las cosméticas, en la fábrica de perfumes o lociones.
Las especies animales de este territorio van desde las distintas especies anfibias de la zonas ribereñas, como el sapo corredor o el sapo común, hasta las comadrejas, mirlos o mochuelos de las áreas más próximas al núcleo urbano.
