El Niño de Mula goza de un clima mediterráneo templado, con veranos cálidos e inviernos suaves.
La pedanía se caracteriza por la regularidad de su orografía, sin elevaciones destacables, sus cercanías están recorridas por el Río Mula que ha dado vida a los cultivos plantados en la zona y siembra su ribera de tarayales. Desde este curso de agua nace la acequia Principal, importante cauce construido por el ser humano y un gran apoyo para la agricultura.
En las inmediaciones del Santuario del Niño se encuentra el paso de la Vía Verde que transcurre sobre el viejo trazado de la línea de ferrocarril entre Murcia y Caravaca de la Cruz. Esta ruta está dedicada a todo tipo de actividades eco-turísticas atesorando en la actualidad rincones de gran belleza.
Flora y fauna
La flora dominante en las zonas forestales está compuesta por pinos carrascos, coscoja, romero, tomillo, esparto, lentisco, ladierno y otros ejemplos típicos de la flora mediterránea.
En estos parajes abundan las rapaces como el búho real, aguilucho cenizo, águila real, águila calzada, águila perdicera, azor, halcón peregrino o el ratonero común. También existen variedades de mamíferos como el jabalí, gato montés o tejón.
